Бомбардировщики Люфтваффе в ту ночь добились необычайно большого успеха. С наступлением вечера около 20 «Юнкерсов» Ju-88 из III/KG30 взлетели с аэродромов на Сицилии для удара по крупному греческому порту Пирей, через который осуществлялось снабжение британских войск в Греции. В Пирее в это время стояло множество торговых судов, в том числе три судна, нагруженных боеприпасами и взрывчатыми веществами. Немцы намеревались нанести бомбовый удар с малой высоты и одновременно сбросить в порту мины. Немного позже за «Юнкерсами» последовали 11 «Хейнкелей» Не-111 из 2/KG4 под командованием гауптмана Кюля, их задачей было заминировать бухту за пределами порта. «Юнкерсы» 7-й эскадрильи (7/KG30) гауптмана Хайо Геррманна приближались к цели на малой высоте, тяжело нагруженные и минами и бомбами. Самолеты, которые несли только мины, летели на большей высоте. Но на больших высотах погодные условия были значительно хуже, и нескольким экипажам пришлось сбросить мины и вернуться. 7-я эскадрилья продолжала лететь к цели, экипаж Геррманна отмечал курс на порт осветительными ракетами.

В порту Пирей в 20:35 была объявлена воздушная тревога — не в первый раз за тот вечер. Эскадрилья Геррманна атаковала гавань, подойдя со стороны Коринфа. Снизившись до высоты 3000 футов, Геррманн выбрал целью большое судно, стоявшее у пристани, и добился точного попадания в него. Следующие два часа немецкие бомбардировщики продолжали атаковать порт, многие суда получили попадания, также было разрушено несколько портовых зданий. На кораблях и в порту начались пожары, во время налета судно «Клан Фрейзер» (7529 т, частично разгруженное, но на нем еще оставалось 250 тонн ТНТ) получило три попадания, несколько человек из его экипажа были убиты. Рядом с горящим судном падали новые бомбы, разрушая здания и уничтожая грузы, в том числе разобранные истребители «Харрикейн» в ящиках. Взрывом судно приподняло из воды и оборвало швартовы. Вероятно, об этом взрыве говорил Геррманн, упомянув, что его «Юнкерс» взрывной волной швырнуло как листок. К тому времени еще одно судно с взрывчаткой — «Сити оф Рубэ» (7100 т) также горело.

К тому времени в порт прибыл британский военно-морской атташе в Афинах контр-адмирал Терл, и приказал, чтобы буксиры вывели горящие суда из гавани. Но его приказ был отменен властями порта, опасавшимися, что в заминированной гавани затонувшее судно могло заблокировать канал и полностью закрыть выход из порта. За исключением нескольких больших пожаров казалось, что ситуация почти под контролем, хотя оставалась серьезная угроза взрыва горящего «Клан Фрейзер», борта которого уже были раскалены от пожара.

К горящему судну были пришвартованы два лихтера, нагруженные 50 тоннами ТНТ, и добровольцы из британских офицеров вызвались спасти хотя бы этот груз. Адъютант адмирала Терла коммандер Баклер принял командование буксиром и попытался отбуксировать один лихтер, когда в 03:15 «Клан Фрейзер» внезапно взорвался, взрыв был такой силы, что уничтожил не только оба лихтера, но и буксир Баклера и еще несколько судов поблизости. Несколько минут спустя взорвался и «Сити оф Рубэ» с грузом боеприпасов, предназначенным для Турции, этим взрывом было уничтожено еще несколько зданий и потоплены новые суда и лихтеры. Взрывы были настолько сильными, что их слышали на расстоянии в 150 миль, и в Афинах в 7 милях от порта были разбиты окна. Порт был сильно разрушен, всего было уничтожено 11 торговых судов общим водоизмещением 41 789 т, а также 2 буксира, 60 лихтеров и 25 каиков. Много других судов были повреждены, некоторые из них серьезно.

Торговые суда, потопленные в порту Пирей ночью 6/7 апреля 1941

Британские:

«Клан Фрейзер» (7529 т)

«Сити оф Рубэ» (7108 т)

«Сайприэн Принс» (1988 т)

Греческие:

«Петалли» (6564 т)

«Эвойкос» (4792 т)

«С. Лулудис» (4697 т)

«Стилиани» (3256 т)

«Агаллиани» (1656 т)

«Акрополис» (1393 т)

«Хакион» (1100 т)

Также потоплено мальтийское судно «Патрис» (1706 т).

Во время налета в порту находились три британских крейсера: «Аякс», «Калькутта» и «Перт» (австралийский). Им повезло избежать серьезных повреждений и мин в порту, и они успешно вышли в открытое море. Там они встретили конвой ANF-25 (последний из конвоев операции «Lustre»), его суда были перенаправлены в порты Саламис и Волос. После налета Пирей был закрыт для судоходства на 10 дней, перед портом скопилось около 20 торговых судов, нуждавшихся в топливе и воде, некоторые из них позже стали жертвами новых воздушных налетов. Даже когда порт был снова открыт, нанесенные ему повреждения были столь серьезны, что он уже не мог функционировать эффективно.

Тем временем немецкие бомбардировщики, причинившие такие потери судоходству союзников, вернулись на Сицилию кроме одного самолета. «Юнкерс» гауптмана Геррманна (4D + AR) был поврежден зенитным огнем, получив попадание в левый двигатель. Не рискнув возвращаться на Сицилию на одном моторе, Геррманн повел самолет к более близкому аэродрому на Родосе. Однако по прибытии ему пришлось подождать с посадкой, потому что в это время аэродром подвергся налету британских бомбардировщиков. Два «Веллингтона» из 38-й эскадрильи КВВС с базы Шаллуфа (Египет) бомбили итальянские объекты на острове. Пайлот-офицер Дэвис, атаковавший аэродром Марица, полагал, что его бомбами были подожжены 6 итальянских самолетов. По крайней мере один S.79 действительно сгорел, потому что когда Геррманн наконец получил разрешение на посадку, его «Юнкерс» едва не врезался в обломки итальянского бомбардировщика. Геррманн позже получит известность и будет награжден Рыцарским крестом как изобретатель тактики Wilde Sau («дикий кабан») для ночных истребителей ПВО рейха в 1943 г.

В первый день немецкого наступления два бомбардировщика «Бленхейм» IV 113-й эскадрильи потерпели крушение у Ниаматы

6 апреля британские ВВС получили некоторые подкрепления. Первые самолеты 208-й эскадрильи тактической разведки прибыли на аэродром Элефсис (через Крит). Всего в 208-й было 3 «Харрикейна» и 8 «Лайсендеров». 7 апреля действия авиации над Грецией велись ограниченно, основные усилия Люфтваффе были сосредоточены против Югославии. Британские «Бленхеймы» вылетали бомбить колонны немецких войск на территории Югославии, по британским данным такие налеты часто были весьма успешны. В одном таком налете после полудня 9 «Бленхеймов» из 11-й эскадрильи КВВС сопровождали 12 «Харрикейнов» из 33-й эскадрильи. Позже днем 3 «Бленхейма» той же эскадрильи бомбили немецкие войска к востоку от Струмицы, на этот раз в сопровождении двух «Харрикейнов». Когда эта небольшая группа британских самолетов возвращалась на базу, командир эскадрильи Пэттл заметил в нескольких тысячах футов ниже самолет, который он идентифицировал как «Дорнье» Do-215. Пэттл атаковал, спикировав на него, и заявил, что самолет загорелся и упал.

Это мог быть Do-17 из штабной эскадрильи StG2, который 7 апреля получил повреждения